MDO1 - Introduction aux méthodes de séquençage NGS et applications en génomique, métagénomique et transcriptomique Mixte : présentiel / à distance

Dernière mise à jour : 17/04/2023

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Description

De nombreux projets d'analyse de données OMICs s'appuient aujourd'hui sur les possibilités de production haut-débit apportées par les nouvelles technologies de séquençage. Soladis vous invite à participer à cette formation introductive aux projets de Next Generation Sequencing (NGS) qui a pour objectif de vous donner un aperçu du principe et des applications de ces nouvelles méthodes de séquençage en OMICs

Domaine : COSMETIQUES SANTE, BIOTECH, AGROALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENT

Objectifs de la formation

  • Comprendre le principe des méthodes de séquençage nouvelle génération
  • Explorer les applications NGS autour des problématiques OMICs
  • Favoriser les interactions avec les bioinformaticiens

Public visé

Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.

Prérequis

Aucun

Programme

1. INTRODUCTION

  • Historique du séquençage : Du Sanger au Single Cell
  • Evolution des applications en big data

 

 

2. COMPRENDRE LES CONCEPTS DES SÉQUENÇAGES NGS

  • Comprendre les différentes méthodes de séquençage
  • Appréhender les caractéristiques d'un séquençage : temps de séquençage, longueur de reads, profondeur, choix des librairies…

 

 

3. TRAITEMENT DES DONNÉES DE SÉQUENÇAGE

  • Comprendre les sorties brutes des séquenceurs
  • Assurer un contrôle qualité des données
  • Analyse des données du génome : assemblage de novo vs mapping
  • Aperçu des principales bases de données

 

 

EXEMPLES D'APPLICATIONS DES NGS

  • Epidémiologie bactérienne et génomique comparative
  • Analyse différentielle en oncologie et recherche de signatures
  • Métagénomique ciblée en cosmétologie
  • Métagénomique fonctionnelle du microbiote intestinal

Modalités pédagogiques

•  Partage et discussion autour d'exemples d'application

•  Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.

•  Nombreux cas pratiques directement applicables après la formation.

•  Remise des supports pédagogiques

•  Vidéo projection du support PowerPoint.

Modalités d'évaluation et de suivi

  • Evaluation de début et fin de formation.
  • Evaluation de la satisfaction en fin de formation.

Infos complémentaires

Bases en biologie nécessaires

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Pour toutes informations complémentaires nous conseillons les structures suivantes AGEFIPH (www.agefiph.fr), FIPHFP(www.fiphfp.fr). Nous tenons également une liste de partenaires mobilisables le cas échéant.

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