MDO4 - Analyse de données RNA-SEQ

Dernière mise à jour : 01/09/2022

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Description
Cette formation « Analyse de données RNA-seq » a pour objectif de vous former sur l'utilisation d'outils indispensables pour l'analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l'analyse fonctionnelle des résultats. Cette formation « analyse de données RNA-seq » s'adresse aux professionnels en biotechnologie souhaitant approfondir leurs connaissances sur l'analyse de données RNA-seq.
Domaine : COSMETIQUES SANTE, BIOTECH, AGROALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENT
Objectifs de la formation
  • Savoir analyser des données de RNA-seq
  • Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés
  • Savoir contextualiser les résultats d'expression
Public visé
Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.
Il est recommandé d'avoir des connaissances en bash et R.
Prérequis
Aucun
Programme
1. RAPPEL DES CONCEPTS SUR LA BIOLOGIE DU NGS
 
  • Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
  • Profondeur de séquençage vs. nombre d'échantillons pour la reproductibilité de l'analyse
  • Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

2. DU FASTQ À LA MATRICE D'EXPRESSION
 
  • Choix du génome de référence
  • Contrôles qualité des sorties de séquençage
  • Alignement et étapes indispensables post-alignement
  • Contrôles qualité post-alignement
  • Comptage des lectures et transformations

3. L'ANALYSE D'EXPRESSION DIFFÉRENTIELLE
 
  • Prétraitement des données
  • Visualisation des données (ACP, PLS-DA, heatmap)
  • Modélisation statistique et définition de la signature de gènes différentiellement exprimés

4. L'ANALYSE FONCTIONNELLE DES RÉSULTATS
 
  • Qu'est-ce qu'une signature d'expression ?
  • Les bases de données de référence
  • Méthodes et données d'entrée
  • Fisher exact test
  • Gene set enrichment analysis
  • Single Sample Signature score
Modalités pédagogiques
•  Partage et discussion autour d'exemples d'application
•  Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.
•  Exemples de manipulation sur des cas types
•  Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)
•  Remise des supports pédagogiques
•  Vidéo projection du support PowerPoint.
Modalités d'évaluation et de suivi
  • Evaluation de début et fin de formation.
  • Evaluation de la satisfaction en fin de formation.
Infos complémentaires
Connaissances en bash et R recommandées

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